LOGO BARU JMMNJ  
Segi Tiga Kuning : Melambangkan kewujudan cawangan baru serta kemajuan ekonomi negara yang lebih kukuh  
Segi Tiga Biru : Melambangkan gabungan yang kukuh antara tiga penjuru kekuatan bagi JMMNJ  
Bulan : Mengambarkan Keunggulan islam  
Bintang : Menyerlahkan pendekatan islam hadhari dalam diri ahli  
Berjabatangan : Melambangkan tahap pendidikan masa kini serta menunjukkan daya maju pemimpin yang berjaya  
Bunga Raya : Bunga kebangsaan yang mencerminkan kebudayaan masyarakat Malaysia, serta kelopak yang lima melambangkan masyarakat berbilangkan kaum, berserta tangkainya melambangkan kukuhnya perpaduan JMMNJ  
Tulisan jawi : Membawa maksud Jemaah Malabar Muslim Johor  
Tulisan rumi ini membawa maksud dari singkatan jemaah Malabar Muslim Negeri Johor  
Tulisan Malayalam ini membawa maksud Jemaah Malabar Muslim Johor  
Block dwi warna hijau muda : Melambangkan ahli terus yang semakin ramai serta ahli yang menjadi tulang belakang JMMNJ, demi kemajuan bersama  
Block dwi warna biru tua : Mencerminkan kesepaduan dan keteguhan antara ahli  
Block dwi warna merah : Membawa maksud daya saing menghadapi cabaran  
Block dwi warna kuning : Melambangkan pendekatan akidah dan akhlak islam  
Block dwi warna putih : Melambangkan silaturahim  
     
 
  LOGO LAMA JMMNJ
Bulan Sabit melambangkan agama islam
Bintang bermaksud berpancar lima tanda rukun islam
Bendera bermaksud melambangkan jemaah ini sentiasa berusaha untuk menegakkan syiar Agama dengan aman dan tenteram
J.M.M.N.J ialah Ringkasan bagi nama persatuan ini iaitu "Jemaah Malabar Muslim Negeri Johor"
Warna Putih melambangkan aman dan tenteram
Warna Hijau melambangkan keseburan yang kekal
Warna Kuning melambangkan berpegang teguh dan setia
Angka 786 bermaksud Bismillahirrahmanirrahim